Монастырь основан в 1515 году преподобным Давидом, Серпуховским чудотворцем. В 1619 году был разорён литовцами и запорожцами, переживал трудные годы и невзгоды вместе со всей страной, а самое благополучное время в истории Давидовой пустыни — это последние десятилетия XVII века. У монастыря было подворье в Москве на улице Ордынка, монастырская часовня у Арбатских ворот, владения в Московском и Коломенском уездах. В XVIII веке расцвет сменился упадком — в результате петровских реформ доход монастырей поступал в государственную казну и только часть его возвращалась братии, владения монастыря приписывались к другим монастырям и обитель в итоге стала заштатной, содержалась на собственные средства.
В 1992 году жителями поселка Новый Быт была образована православная община, которая начала работу по восстановлению монастыря: тогда были обретены мощи преподобного Давида, в монастыре было собрано более 200 частиц мощей угодников Божиих, в специально устроенном ковчеге в обители ныне хранится частица Гвоздя Распятия Христова, а в соборе, освященном в честь иконы Всемилостивого Спаса, частицы Хитона Спасителя и частица Ризы Богородицы.