Монастырь основан в 1656 году патриархом Никоном, по замыслу которого под Москвой должен был быть воссоздан комплекс святых мест Палестины. Это была не первая попытка перенести образ храма Гроба Господня, связанного со святынями, на территорию России. Окрестности будущей обители подверглись перепланировке: лес по берегу реки Истры был вырублен, а холм, на котором возводился монастырь, досыпан и укреплен.

При Никоне на территории монастыря был возведен комплекс традиционных для русского зодчества деревянных сооружений, в 1656 году была построена деревянная Воскресенская церковь с трапезной, келарской и служебными помещениями, и в 1657 году на ее освящении присутствовал царь Алексей Михайлович. Именно он, глядя на постройки обители с Елеонского холма, впервые назвал монастырь Новым Иерусалимом, и это обстоятельство было отмечено на памятном кресте, установленном на Елеоне. Почти сразу после основания монастырь стал крупным землевладельцем, в разных уездах России для него были приобретены вотчины.

Разные времена бывали в судьбе монастыря, при разных царях он жил по-разному: в правление Петра I в Новом Иерусалиме так же, как и в других крупных обителях, был уменьшен штат монахов, на содержание которых выделялись из монастырских доходов ограниченные средства, а при Елизавете Петровне, взявшей монастырь под покровительство, увеличились его земельные владения. В годы революции монастырь был закрыт, c 1921 года на его территории работали музеи, объединенные в Государственный художественно-исторический музей. В годы Великой Отечественной войны фашисты взорвали многие строения монастыря, архитектурные памятники были уничтожены. В 1990-е годы деятельность монастыря была возобновлена, а к настоящему времени там проведены колоссальные реставрационные работы. И, конечно, эта одна из самых известных и почитаемых обителей России всегда привлекала к себе внимание людей творчества, литераторов, поэтов и художников.