Само слово "шуя" — распространённое название левых притоков на Руси и восходит к древнерусскому слову "ошую" (слева). Неподалёку от Шуи были обнаружены древние захоронения-курганы, относящиеся к Волжскому торговому пути X–XI веков. Но первое документальное свидетельство о самом городе Шуе относится к 1539 году. До этого город был известен под названием Борисоглебская слобода, в честь расположенной в нем церкви Святых Бориса и Глеба. С 1403 года упоминаются князья Шуйские, которые владели городом на протяжении почти 200 лет. Представителем этого рода был Василий Иванович Шуйский — последний царь из рода Рюриковичей, правивший с 1606 по 1610 год. Он часто наведывался в свою вотчину, чтобы поразвлечься соколиной охотой.
Многие российские события затрагивали этот небольшой город. Сюда заезжал Иван Грозный во время похода на Казань в 1549 году и вскоре включил ее в числе других 19 городов в состав опричнины (1565—1572). В 1722 году по пути в Персидский поход в Шуе побывал Петр I. Он остановился в городе, чтобы приложиться к местной святыне — чудотворной иконе Шуйско-Смоленской Божией Матери. Икона была написана шуйским иконописцем в 1654—1655 годах, когда в городе свирепствовала моровая язва. В 1729 году в Шуе некоторое время жила дочь Петра I царевна Елизавета, которая любила охотиться в окрестных лесах. Побывал в Шуе и ещё один наследник престола. В 1837 году, путешествуя по России в сопровождении известного русского поэта В.А. Жуковского, Шую посетил будущий император Александр II. Среди известных поэтов, проживавших здесь, прежде всего можно назвать Константина Бальмонта.
Город исторически является центром текстильной промышленности. С давних времен развивался в Шуе текстильный промысел — изготовление льняных тканей. А с середины XVIII века в ней появились ткацкие полотняные мануфактуры и бумагопрядильные фабрики, действовавшие посредством паровых машин.