Слово «Кидекша», вероятно, имеет финно-угорское происхождение, но есть мнение, что это название может быть связано с русским словом «кидать», «покидать», поясняемое тем, что Юрий Долгорукий забросил это место, на котором намеревался построить крепость. Кидекша во времена Юрия Долгорукого являлась отдельно стоящим укрепленным княжеским городком. Князь стремился к единовластному правлению, именно поэтому он построил свой двор отдельно от места поселения родовитых бояр. Находясь на берегу Нерли , кидекшская крепость контролировала речные пути в Суздаль. Это был стратегически важный форпост княжества, поскольку именно по Нерли осуществлялась торговля суздальцев с другими землями, а в неурожайные годы по этой реке жители отправлялись за зерном в земли волжских булгар.
В конце XII—начале XIII века город Кидекша уже был большим: остатки валов были найдены к северо-западу от знаменитой белокаменной церкви Бориса и Глеба, построенной Юрием Долгоруким в 1152 году и ныне являющейся составной частью объекта Всемирного наследия ЮНЕСКО. Но в 1238 году Кидекша была разорена татаро-монголами, и город вскоре потерял свой статус. В XIV веке на этом месте располагался монастырь. Центральная улица в Кидекше является частью древнего пути из Суздаля в Городец, этой дороге более 850 лет, и дыхание истории привлекает в это небольшое село и туристов, и поэтов.