Свою историю село ведет с начала лета 1648 года, когда енисейские казаки атамана Ивана Галкина на месте входа в Баргузинскую долину основали острог. В 1783 году Баргузин получил статус уездного города, центра Баргузинского уезда Нерчинской области Иркутского наместничества, а в 1790 году город обрел свой герб. После создания в 1798 году Иркутской губернии в ее состав, среди прочих уездов, вошел и Баргузинский уезд, но уже в 1822 году как уездный город Баргузин был упразднён.
В прошлые века купцы-благотворители многое построили и создали в Баргузине, он включён в перечень исторических городов России и имеет свой впечатляющий перечень знаменитых людей, пусть и не по своей воле проживавших в Баргузине и даже похороненных там. Это и друг Александра Пушкина декабрист Вильгельм Кюхельбекер со своим братом Михаилом, и ссыльные петрашевцы