Этот монастырь на Белой горе начался с установления в 1891 году пятисаженного креста, прозванного в народе Царским, в память «чудесного избавления Цесаревича Николая от опасности в Японии». Место для закладки храма на Белой горе было освящено в 1893 году, строительство первого деревянного храма было закончено в феврале 1894 года. В том же году начата постройка настоятельского и братского корпусов, в них позже находились столярная и слесарная мастерские. Была открыта школа для обучения мальчиков-сирот, где детей учили грамоте, церковному пению, и различным ремёслам.
Закладка нового каменного храма (Крестовоздвиженский собор) состоялась в 1902 году, его сооружение продолжалось 15 лет. Этот собор выстроен в неовизантийском стиле по образцу Владимирского собора в Киеве. С самого начала храм был оборудован вентиляцией и паровым отоплением. Монументальный собор, самый грандиозный в Пермской епархии, строился как на пожертвования частных лиц, так и за счет самого монастыря. После революции монастырь был закрыт, в 1980 году в соборе вспыхнул пожар, который сильно его повредил, в частности сгорели почти все купола. Началом возрождения монастыря считаются 1988—1989 годы, когда праздновалось 1000-летие Крещения Руси. В 1993 году был разработан проект реставрации Крестовоздвиженского собора и всего Белогорского монастыря.